Tο Τμήμα Ζωολογίας αποτελεί σήμερα το πιο πολυπληθές και αναπτυγμένο τμήμα του Μ.Φ.Ι.Κ. Αυτό βέβαια δεν είναι τυχαίο. Σχετίζεται με τη μεγάλη ζωική ποικιλότητα της Κρήτης και του Ελληνικού χώρου καθώς και τις προκλήσεις που προσφέρει η έρευνα, για τους ζωικούς οργανισμούς.

Η ανάπτυξη των ζωολογικών συλλογών δεν αποτελεί αυτοσκοπό, αλλά συνδέεται με τις δυνατότητες ερευνητικής επεξεργασίας, είτε από τους ερευνητές του Μουσείου, είτε από άλλους ερευνητές που συνεργάζονται με αυτό.

Στο τμήμα αυτό έχουν συγκεντρωθεί οι περισσοτεροι, στην Ελλάδα, εξειδικευμένοι, στην ταξινόμηση, ζωολόγοι.