Σε αντίθεση με την επικρατούσα αντίληψη που θεωρεί τον άνθρωπο ως κυρίαρχο της φύσης, το βασικό σκεπτικό της εφορίας σπονδυλωτών είναι η θεώρησή του ως αναπόσπαστο τμήμα της. Ταυτόχρονα όμως ο άνθρωπος ξεχωρίζει από τους υπόλοιπους οργανισμούς έχοντας αποκτήσει εξελικτικά ένα μοναδικό δημιούργημα της φύσης, τη συνείδηση. Το γεγονός αυτό και η συσσωρευμένη εμπειρία από τη σύντομη ύπαρξή μας στον πλανήτη, μάς επιφορτίζει με το χρέος της φροντίδας για ότι βλέπουμε γύρω μας.

Το παραπάνω σκεπτικό ανατρέπει την κλασσική εικόνα των Μουσείων Φυσικής Ιστορίας σαν σκοτεινές αίθουσες όπου παρατίθενται βαλσαμωμένα ζώα. Η αντίληψη που έχουμε για το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας είναι αυτή ενός δυναμικού αρχείου αναφοράς από όπου αντλούμε δεδομένα για να εκπληρώσουμε το χρέος της φροντίδας για τη Φύση.

Βασικός λοιπόν σκοπός της εφορίας σπονδυλωτών είναι η συλλογή στοιχείων για αυτό το δυναμικό αρχείο καθώς και η προστασία και συντήρησή του για να μπορεί να χρησιμοποιηθεί από τις επόμενες γενιές.

Παράλληλα, σήμερα το αρχείο αυτό αξιοποιείται για τις ερευνητικές και τις εκπαιδευτικές δραστηριότητες του Μ.Φ.Ι.Κ. καθώς και για τις ανάγκες ερευνητών από άλλα ιδρύματα του εσωτερικού και του εξωτερικού αλλά και για οποιονδήποτε άλλο σκοπό (διαχείριση, προστασία κ.ά.) συμβάλλει στη φροντίδα της κοινής μας κληρονομιάς.