Οι συλλογές της εφορίας σπονδυλωτών αποτελούν τη σπονδυλική στήλη των ερευνητικών και εκπαιδευτικών της δραστηριοτήτων. Περιλαμβάνουν περίπου 20.000 δείγματα από την ευρύτερη περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου δείγματα από όλες τις τάξεις των σπονδυλωτών (Ψάρια, Αμφίβια, Ερπετά, Πουλιά και Θηλαστικά). Η γεωγραφική αντιπροσωπευτικότητα των δειγμάτων αυξάνει ομοκεντρικά από την Ανατολική Μεσόγειο, στην Ελλάδα, στο Νότιο Αιγαίο και στην Κρήτη.

Σημαντικότερη και πιο αντιπροσωπευτική, είναι η συλλογή των ερπετών με περισσότερα από 9.000 δείγματα.

Οι συλλογές χωρίζονται σε διάφορες κατηγορίες ανάλογα με το αν περιλαμβάνουν ολόκληρα ζώα ή τμήματά τους (π.χ. σκελετούς, τμήματα σκελετών ή ιστούς) και με τον τρόπο διατήρησής τους (π.χ. σε αλκοόλη, ξηρά ή σε κατάψυξη).
Το μεγαλύτερο μέρος της συλλογής έχει υποστεί βασική επεξεργασία και έχει καταγραφεί σε ψηφιακές βάσεις δεδομένων.

Πέρα από την κάλυψη των ερευνητικών αναγκών του Μ.Φ.Ι.Κ. οι συλλογές λειτουργούν και ως ιδιότυπη «δανειστική βιβλιοθήκη». Ερευνητές από όλο τον κόσμο μετά από συνεννόηση με την εφορία σπονδυλωτών, δανείζονται δείγματα για τις ερευνητικές τους ανάγκες.

Αρχεία XML των συλλογών δειγμάτων σπονδυλωτών (μπορεί να χρησιμοποιηθεί to Microsoft Excel για την ανάγνωση των δεδομένων):