Στην εφορία διεξάγεται συνήθως βασική έρευνα. Όλοι οι ερευνητές του συμβάλλουν σημαντικά στην πραγματοποίηση των διαχειριστικών προγραμμάτων, περιβαλλοντικών μελετών και των εκπαιδευτικών προγραμμάτων του Μ.Φ.Ι.Κ.
Επιπλέον στις άμεσες δραστηριότητες του τμήματος είναι η έκδοση οδηγού για τα χερσαία σαλιγκάρια της Κρήτης.Η έρευνα που γίνεται αφορά κυρίως στη:

• συστηματική των σαλιγκαριών, χερσαίων και γλυκού νερού, της Μεσογείου,
• βιογεωγραφία των χερσαίων μαλακίων της Μεσογείου
• οικολογία των χερσαίων μαλακίων και των μαλακίων γλυκού νερού της Μεσογείου.

Σε συνεργασία με το Τμήμα Βιολογίας του Παν/μιου Κρήτης, εκπονούνται, εξ' ολόκληρου ή μέρος από διπλωματικές εργασίες, τρίμηνες ασκήσεις μεταπτυχιακών, διατριβές Μεταπτυχιακού Τίτλου Ειδίκευσης (Master) και διδακτορικές διατριβές. Επιπλέον συνεργάζεται με άλλους επιστήμονες από ελληνικούς ή διεθνείς ερευνητικούς φορείς και ιδρύματα για την πραγματοποιήση της έρευνας.

Συμμετοχή σε προγράμματα:

• "Μελέτη του φυσικού περιβάλλοντος των δυσπρόσιτων βραχονησίδων της Ελλάδας". 1988 - 1995, Ίδρυμα Λεβέντη
• "Προκαταρκτική μελέτη διαχείρισης του φυσικού περιβάλλοντος της νήσου Χρυσής Ιεράπετρα Κρήτη". 1993-1994 Δήμος Ιεράπετρας
• "Δίκτυο NATURA 2000 : Απογραφή των οικοτόπων και των ειδών χλωρίδας και πανίδας". 1995-1997 ΥΠΕΧΩΔΕ
• "Διαχείριση και προστασία απειλούμενων βιοτόπων της Δυτικής Κρήτης με οικοτόπους και είδη προτεραιότητας". 1996-1997 Ε.Ε.
• "Δημιουργία βάσης δεδομένων για τους περιβαλλοντικούς παράγοντες και τη βιοποικιλότητα στη θέση "Στρογγυλό Κεφάλι" Ακρωτηρίου Χανίων". 1997 Ν.Α. Χανίων
• "Μελέτη διαχείρισης φυσικού περιβάλλοντος της νησίδας Κουφονήσι νομού Λασιθίου, κοινότητας Αγίας Τριάδας". 1997-1998 Π.Ε.Π. Κρήτης
• "Χωροταξικές δράσεις για τη διαχείριση και ανάδειξη της φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς ορεινών περιοχών της Νότιας Ευρώπης". TERRA - DIAS.1997 - 1999 Περιφέρεια Κρήτης
• "Ανάπτυξη βάσης δεδομένων για τους περιβαλλοντικούς παράγοντες και τη βιοποικιλότητα των νησιών του Αιγαίου". 1998 - 2000 Γ.Γ.Ε.Τ.
• "Protection of threatened species". ARCHI - MED Central and Eastern Mediterranean Space. 1998 - 2001 Περιφέρεια Κρήτης
• "Νότιο Αιγαίο - Κρήτη - Κύπρος: Συνεργασία για το Περιβάλλον και την Ανάπτυξη" INTEREG II. 1999 - 2000 Περιφέρεια Κρήτης
• "Protection of threatened endemic species". ARCHI - MED Central and Eastern Mediterranean Space. 1999 - 2000 Ν.Α. Λασιθίου
• "Προστασία και Διαχείριση του Ορεινού Όγκου Ροδόπης". 1999 - 2001 Ν.Α. Δράμας
• "Διαμόρφωση εκθεσιακών χώρων Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Κρήτης" INTEREG II. 1999 - 2001 Περιφέρεια Κρήτης
• "Πρωτοβουλία συνεργασίας του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Κρήτης και του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας του Πανεπιστημίου Yale". 2002 - 2005 Ίδρυμα Σ. Νιάρχος

Στην εφορία ασπονδύλων λειτουργεί βιβλιοθήκη, παράλληλα με την κεντρική βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου Κρήτης και τη βιβλιοθήκη του Μ.Φ.Ι.Κ., που κύριο στόχο έχει να καλύπτει τη βιβλιογραφία για τα διάφορα φύλα που αφορούν το τμήμα. Υπάρχει πλήρης βιβλιογραφική υποστήριξη για τα μαλάκια της Ελλάδας και πολύ καλή για τα μαλάκια της Μεσογείου. Για τις άλλες ομάδας οργανισμών υπάρχουν οι βασικές εργασίες για την κάθε ομάδα. Ο αριθμός των εργασιών υπερβαίνει τις 4000, ενώ τα βιβλία είναι περισσότερα από 150. Επιπλέον στη βιβλιοθήκη του τμήματος υπάρχει το Journal of Molluscan Studies και το Schriften fuer Malakozoologie.