Το εργαστήριο Υδροβιολογίας έχει ως αντικείμενό του την οικολογία και διαχείριση των λιμνών, των ποταμών, των πηγών και των άλλων επιφανειακών νερών του νοτίου Αιγαίου, κυρίως όμως της Κρήτης.

Τα οικοσυστήματα αυτά είναι περιορισμένης έκτασης στις παραπάνω περιοχές, όπου επικρατεί γενικά χαμηλό βροχομετρικό ύψος και παρατεταμένες περίοδοι ξηρασίας. Παρόλα αυτά ο ρόλος τους είναι καθοριστικός καθόσον λειτουργούν ως «αποθήκες» πόσιμου και αρδεύσιμου νερού, ως ρυθμιστές του τοπικού μικροκλίματος, ως σταθμοί στους μεταναστευτικούς δρόμους της ορνιθοπανίδας αλλά και ως τόποι διατήρησης σημαντικών μορφών υδρόβιας ζωής, πολλές από τις οποίες είναι σπάνιες, ενδημικές ή με ενδιαφέρουσες προσαρμογές στο νησιωτικό περιβάλλον.

Παράλληλα βέβαια τα οικοσυστήματα των επιφανειακών νερών στις παραπάνω περιοχές, δέχονται και έντονες ανθρώπινες πιέσεις, προερχόμενες κυρίως από τη γεωργική, τουριστική και οικιστική χρήση των γύρω περιοχών. Για το λόγο αυτό η σωστή διαχείριση και η προστασία τους, είναι ιδιαίτερα επιτακτική.