Το Τμήμα Βοτανικής του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, από τις αρχές του 2003 επαναπροσδιόρισε τους στόχους και τα ενδιαφέροντα του, σε μια προσπάθεια για έναν δυναμικότερο επιστημονικό και κοινωνικό ρόλο. Οι ευρύτερες κατευθύνσεις στις οποίες δραστηριοποιείται αφορούν στα Ενδημικά φυτά της Κρήτης, στην Περιβαλλοντική Βιολογία Φυτικών Οργανισμών, στην Περιβαλλοντική Βιοτεχνολογία και στην Απομόνωση και χαρακτηρισμός βιομορίων υψηλής διατροφικής/φαρμακευτικής αξίας από ενδημικά φυτά της Κρήτης.

Στα πλαίσια της Περιβαλλοντικής Βιολογίας το Τμήμα Βοτανικής του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας σε συνεργασία με το Εργαστήριο Βιοχημείας Φυτών και Φωτοβιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης επικεντρώνει τις προσπάθειες του στις παρακάτω κατευθύνσεις:

• Οικοφυσιολογία.
  Επίδραση βιοτικών και αβιοτικών παραγόντων στα φυτά, με έμφαση στην επίδραση σύγχρονων περιβαλλοντικών αλλαγών σε πλανητικό επίπεδο (φαινόμενο του θερμοκηπίου, «τρύπα του στρατοσφαιρικού όζοντος», αύξηση του ατμοσφαιρικού όζοντος,κ.α.). Μηχανισμοί προστασίας και προσαρμογής των φυτών στις εν λόγω συνθήκες.
• Βιοενεργητική στα πλαίσια καταγραφής της περιβαλλοντικής μόλυνσης.

Ανάδειξη μιας γρήγορης και απόλυτα τεκμηριωμένης βιολογικής μεθόδου για την καταγραφή της ρύπανσης του περιβάλλοντος σε υδάτινα και σε χερσαία οικοσυστήματα, στηριζόμενη σε φυσικοχημικούς δείκτες. Στα πλαίσια μιας τέτοιας προσπάθειας μελετάται η διαφοροποίηση του μηχανισμού διαχείρισης της φωτονιακής (ηλιακής) ενέργειας από τον φωτοσυνθετικό μηχανισμό των φυτών σε οποιαδήποτε περιβαλλοντική καταπόνηση με τη χρήση τεχνικών επαγωγικού φθορισμού.

Στα πλαίσια αυτής της προσπάθειας το τμήμα Βοτανικής συνεργάζεται με σειρά ερευνητικών εργαστηρίων:

• Με το Εργαστήριο Ανόργανης Χημείας (Αναπλ. Καθ. Αθ. Σαλίφογλου) του Τμήματος Χημικών Μηχανικών, Α.Π.Θ., για την απομόνωση και τον χαρακτηρισμό αντιοξειδωτικών ουσιών από ενδημικά φυτά της Κρήτης.
• Με το Εργαστήριο Βιοχημείας (Καθ. Ε. Στρατάκης) του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, για την απομόνωση και χαρακτηρισμό λεκτινών από ενδημικά φυτά της Κρήτης, και
• Με το Τμήμα Βιολογίας/Βοτανικής (PD Dr. Dieter Dornemann) Πανεπιστήμιο Marburg/Γερμανία, για την απομόνωση αντιβιοτικών ουσιών από επιλεγμένα ενδημικά φυτά της Κρήτης.
• Με το Εργαστήριο Φυσιολογίας Φυτών και Βιοτεχνολογίας ( Καθ. Κ.Α. Ρουμπελάκη-Αγγελάκη) του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης για τη δημιουργία τράπεζας γενετικού υλικού ενδημικών και απειλούμενων φυτών της Κρήτης
• Με το Εργαστήριο Βιοχημείας Φυτών & Φωτοβιολογίας (Αν. Καθ. Κ. Κοτζαμπάσης) του Τμήματος Βιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης για την απομόνωση και τον χαρακτηρισμό υπερικινών από φυτά του γένους Hypericum της Κρήτης.