Οι συλλογές της εφορίας Αρθροπόδων περιλαμβάνουν δύο βασικές κατηγορίες δειγμάτων ανάλογα με τις μεθόδους διατήρησης (αποξηραμένα και υγρά δείγματα) και μια ξεχωριστή κατηγορία για δείγματα που «σχετίζονται» με Αρθρόποδα.

Τα αποξηραμένα δείγματα είναι στη συντριπτική πλειοψηφία τους Έντομα (αρκετές δεκάδες χιλιάδες άτομα), ενώ το 85% περίπου από αυτά ανήκουν στην τάξη των Κολεοπτέρων. Εκτός των Κολεοπτέρων (κυρίως Carabidae, Tenebrionidae, Scarabaeidae, Cerambycidae, και Staphylinidae), σχετικά πλούσιες είναι οι συλλογές των Ορθοπτέρων (πολλές εκατοντάδες ταριχευμένα δείγματα), Λεπιδοπτέρων (αρκετές εκατοντάδες ταριχευμένα δείγματα) και Οδοντογνάθων.

Στα υγρά δείγματα υπάρχουν πολλές χιλιάδες αντιπρόσωποι εδαφικών αρθροπόδων (γυάλινα δοχεία με 75% αλκοόλη). Οι συλλογές των Αραχνών (πάνω από 40.000 δείγματα), των Χειλοπόδων (πολλές εκατοντάδες) και των Σκορπιών (πολλές εκατοντάδες), είναι ταξινομημένες, στις περισσότερες περιπτώσεις στο επίπεδο του είδους. Τα υπόλοιπα εδαφικά αρθρόποδα (κυρίως Ισόποδα, Μυρμήγκια και μικρότερες ομάδες) είναι ταξινομημένα ανά περιοχή και σταθμό δειγματοληψίας και καταχωρημένα σε επίπεδο Οικογενειών ή Τάξεων.

Τα δείγματα που «σχετίζονται» με Αρθρόποδα αφορούν κυρίως φωλιές, κουκούλια ή άλλες «κατασκευές-προϊόντα» Αρθροπόδων.
Παράλληλα με την «κλασσική» συλλογή, δηλαδή συντήρηση ζώων σε 75% αλκοόλη, στο τμήμα διατηρούνται πολλά δείγματα σε κατάψυξη -20°C ή/και σε 100% αλκοόλη για σύγχρονες μοριακές - φυλογενετικές μελέτες.

Γεωγραφικά, η συντριπτική πλειοψηφία των δειγμάτων (85%) προέρχεται από τον Ελληνικό χώρο (αποστολές του Μ.Φ.Ι.Κ., εκδρομές φοιτητών του τμήματος Βιολογίας, κλπ.) και τον ευρύτερο Ανατολικο-Μεσογειακό χώρο (15%). Λίγα δείγματα προέρχονται από την υπόλοιπη Ευρώπη ή άλλες ηπείρους.