Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Κρήτης έχει δημιουργήσει:

• Κέντρα Ενημέρωσης για την προστασία του γυπαετού στα Χανιά και στο Οροπέδιο Λασιθίου
• Μουσείο Φυσικής Ιστορίας για τον ορεινό όγκο της Ροδόπης στο Παρανέστι Δράμας
• Μουσείο Φυσικής Ιστορίας για τον ορεινό όγκο της Δίκτης στη Μονή Βιδιανής στο Λασίθι

έχει στηρίξει επιστημονικά και υλικοτεχνικά το Μουσείο Τοπικής Φυσικής Ιστορίας στο Δήμο Γέργερης
έχει οργανώσει και σχεδιάσει αρκετές περιοδικές εκθέσεις. Συγκεκριμένα:

• «Το Φυσικό Περιβάλλον της Κρήτης»: Η έκθεση αυτή αφορούσε τη βιοποικιλότητα της Κρήτης και τη γνωριμία με τις ιδιαιτερότητες του φυσικού περιβάλλοντός της. Από το 1994 έως το 1998 παρουσιάστηκε σε διάφορες περιοχές της Κρήτης, όπως στο Ηράκλειο, στα Χανιά, στο Ρέθυμνο, στο Σίβα Πυργιωτίσσης, και στο ίδρυμα Αγία Σοφία στον Αποκόρωνα Χανίων.
• «Η βιοποικιλότητα της Κρήτης»: Το Μ.Φ.Ι.Κ. και το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Peabody (ΗΠΑ), στο πλαίσιο ενός προγράμματος συνεργασίας που χρηματοδοτήθηκε από το ίδρυμα Σταύρος Σ. Νιάρχος, οργάνωσαν και σχεδίασαν το καθένα για την περιοχή του, μία περιοδική έκθεση με θέμα τη βιοποικιλότητα. Η περιοδική έκθεση «Η βιοποικιλότητα του Connecticut», που οργανώθηκε από το Μουσείο Peabody, φιλοξενήθηκε στις νέες εγκαταστάσεις του Μ.Φ.Ι.Κ. από τον Ιούνιο του 2006 έως τον Σεπτέμβριο του 2007, ενώ η έκθεση «Η βιοποικιλότητα της Κρήτης», που οργανώθηκε από το Μ.Φ.Ι.Κ., φιλοξενήθηκε στο Μουσείο Peabody από τον Απρίλιο του 2005 έως τον Σεπτέμβριο του 2007.
• «Πανόραμα Βιοποικιλότητας Ανατολικής Μεσογείου»: Η έκθεση αυτή είχε ως θέμα την Ανατολική Μεσόγειο και τη σημαντική βιοποικιλότητά της και ως στόχο να προβάλλει την αξία, την ιδιαιτερότητα και τη σημασία της περιοχής αυτής τόσο σε εμάς που την κατοικούμε όσο και στο ευρύτερο κοινό. Η έκθεση αυτή φιλοξενήθηκε:

- στην Τρίπολη της Λιβύης από 3 έως 6 Δεκεμβρίου 2007,

- στη Λευκωσία της Κύπρου από 3 Ιουνίου έως 2 Ιουλίου 2008,

- στο χώρο των περιοδικών εκθέσεων του Μ.Φ.Ι.Κ. από τον Οκτώβριο 2008 έως τον Ιούνιο 2009 και στην αίθουσα Αγ. Φραγκίσκου στο Ρέθυμνο, στο πλαίσιο του 23^ου Αναγεννησιακού Φεστιβάλ Ρεθύμνου που διοργάνωσε ο Δήμος Ρεθύμνου από 12 έως 22 Ιουλίου 2009.