Στο χώρο αυτό κυριαρχεί η παλαιοντολογική συλλογή του Γερμανού Καθηγητή Siegfried Ε. Kuss. Ένα μεγάλο μέρος της συλλογής αυτής παρέμενε για χρόνια στις αποθήκες του Κρατικού Μουσείου Φυσικής Ιστορίας της Καρλσρούης στη Γερμανία, απ’ όπου με συντονισμένες προσπάθειες του Μουσείου Φυσικής Ιστορίας Κρήτης, πρόσφατα επέστρεψε μόνιμα στην Κρήτη.

Η συλλογή αποτελείται από 8.200 δείγματα απολιθωμένων οστών από την Κρήτη και άλλα νησιά του νοτίου Αιγαίου. Μεταξύ άλλων περιλαμβάνει δείγματα από νάνους ιπποπόταμους της Κύπρου και της Κρήτης, από καμηλοπαρδάλεις, ρινόκερους, μικρόσωμους ελέφαντες και ελάφια της Κρήτης από διαφορετικές γεωλογικές περιόδους, καθώς και τρία μοναδικά για την επιστήμη δείγματα (ολότυπους) από τα οποία προσδιορίστηκαν για πρώτη φορά ο ελέφαντας της Κρήτης (Elephas creutzburgi) και δύο είδη ελαφιών από την Κάσο (Candiacervus cerigensis) και την Κάρπαθο (Candiacervus pigadiensis).