Στις εγκαταστάσεις του Μουσείου και σε συνεργασία με τους ερευνητές του, μεγάλος αριθμός προπτυχιακών φοιτητών του Πανεπιστημίου Κρήτης καθώς και των Τ.Ε.Ι. πραγματοποιεί μέρος της εκπαίδευσης τους ή και το σύνολο των προπτυχιακών τους διατριβών.

Είναι όμως οι μεταπτυχιακοί φοιτητές, κυρίως από το μεταπτυχιακό πρόγραμμα του Βιολογικού Τμήματος «Διαχείριση των χερσαίων και θαλάσσιων βιολογικών πόρων» που από τη μια κερδίζουν από τις συλλογές και τις εγκαταστάσεις του Μουσείου αλλά και από την άλλη προσφέρουν εντυπωσιακά δείγματα σε αυτό και ένα φυτώριο νέων επιστημόνων.

Σήμερα περισσότεροι από 15 μεταπτυχιακοί φοιτητές πραγματοποιούν είτε τη μεταπτυχιακή τους διατριβή είτε το διδακτορικό τους στο χώρο του Μουσείου.